ساخت اجزای پیچیده‌ی ایتر در سایت‌های سرتاسر جهان، موجب بروز مشکلات متعدد شد. در سال ۲۰۱۶، برنامه‌ی ساخت تا سال ۲۰۲۵ تمدید شد. سپس در ژانویه ۲۰۲۲، سازمان ایمنی هسته‌ای فرانسه (ASN) ساخت‌وساز را متوقف کرد؛ زیرا مقام‌های این نهاد با شبیه‌سازی ایتر متقاعد نشدند که کارگران محافظت کافی را در برابر نوترون‌های پرانرژی مرگبار که در واکنش‌های هسته‌ای تولید می‌شوند، دریافت خواهند کرد. تغییرات در طراحی ازجمله حفاظ اضافی نیز فونداسیون بتنی سازه را با خطر افزایش فشار بیش از حد مواجه کرد.

سازمان ایمنی هسته‌ای فرانسه همچنین خواستار اطمینان خاطر از عدم نشتی در توکامک ۹ بخشی ایتر بود. وقتی دو بخش اول ۱۱ متری توکامک از تولیدکننده‌ی مستقر در کره جنوبی از راه رسیدند، رابط اتصال آن‌ها دقت میلی‌متری مورد نیاز در طراحی را برآورده نکرد. مهندسان ایتر باور داشتند که می‌توانند با جوشکاری هوشمندانه، مشکل را رفع کنند؛ اما ASN قانع نشد. هرگونه نشتی می‌تواند به انتشار تریتیوم رادیواکتیو یا همان ایزوتوپ هیدروژن سنگین که یکی از سوخت‌های همجوشی است، منجر شود.

توقف ساخت‌وساز به دستور ASN همچنان تا به امروز برقرار است. ژیل پریر، مدیر کیفیت و ایمنی ایتر می‌گوید: «رابطه با نهاد تنظیم‌گر دشوار بوده است. وقتی رابطه‌ای مبتنی بر بی‌اعتمادی دارید، نمی‌توانید چیزی بسازید.»

مهندسان، بخش‌های رآکتور را با افزودن مواد جدید و ماشین‌کاری دوباره‌ی سطوح، تعمیر می‌کنند. الساندرو بونیتو اولیوا، مدیر برنامه‌ی ایتر، نتایج به‌دست‌آمده را بسیار خوب توصیف می‌کند. او انتظار دارد که اولین بخش تعمیرشده در ماه جاری یا اوایل مرداد تکمیل شود. در آن زمان، جزئیات به‌منظور تایید برای ASN ارسال خواهد شد.

پس از ۵ سال، اپراتورها انفجارهای همجوشی کوتاه با مدت کمتر از یک دقیقه را با سوخت قوی‌تر دوتریوم-تریتیوم آغاز خواهند کرد. این انفجارها موجب می‌شوند که ایتر به هدف اعلامی خود، یعنی تولید ۱۰ برابر انرژی بیشتر از انرژی مصرفی دست یابد. اپراتورها پس از اثبات ایمنی رآکتور به بازرسان ASN، می‌توانند تولید انرژی پایدار مورد نیاز هر نیروگاه فعال را آغاز کنند.

با توجه به تمام مشکلات و تاخیرهای پیش‌روی ایتر، تروی کارتر، دانشمند همجوشی در دانشگاه لس‌آنجلس کالیفرنیا، انتظار دارد که درخواست‌ها برای اختصاص بودجه به پروژه‌های تجاری کوتاه‌مدت‌تر افزایش یابد. او باور دارد که حتی اگر ایتر یک رآکتور همجوشی پیشگامانه نباشد، داده‌های غنی جمع‌آوری‌شده درطول ساخت آن می‌تواند به هدایت نمونه‌های اولیه‌ی رآکتورهای تجاری کمک کند.